预防流脑的主要手段是接种抗相应菌群的脑膜炎球菌疫苗。2008年我国在全国范围将脑膜炎球菌疫苗纳入国家免疫规划，适龄儿童均免费接种。接种含相应菌群成分的脑膜炎球菌疫苗只能预防相应菌群的脑膜炎球菌引起的流脑，如接种A群流脑疫苗只能预防A群流脑。
对密切接触者及早选用敏感药物进行预防性服药。个人要做好防护，托幼机构、学校、工地等集体单位或商场、影院等公共场所搞好环境卫生，保证空气流通。
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